MTS Assalafiyyah Mlangi adalah madrasah yang berada di bawah naungan Yayasan Assalafiyyah Mlangi. MTS Assalafiyyah berdiri pada tahun 2013 di bawah kepemimpinan K. Irwan Masduqi, Lc. M.Hum. Atas dukungan dan kerjasama keluarga ndalem, yakni KH. Chasan Abdullah, KH. Noor Hamid dan KH. Zar’anuddin. Selanjutnya, estafet kepempimpinan madrasah dilanjutkan oleh Bapak Alif Jum’an, S.Si yang menjabat sampai tahun 2017.
MTS Assalafiyyah Mlangi bertempat di Jalan Kiai Masduqi Dusun Mlangi, Kelurahan Nogotirto Kecamatan Gamping Kabupaten Sleman Yogyakarta. Madrasah ini berdiri pada tanggal 16 Juli 2013. Pada awal berdirinya madrasah ini memiliki siswa dengan jumlah 20 orang. 4 tahun kemudian madrasah ini memiliki 6 kelas dengan jumlah 55 siswa dan saat ini MTs Assalafiyyah Mlangi memiliki 18 kelas dengan jumlah siswa 509.
Perkembangan MTS Assalafiyyah Mlangi dari tahun ke tahun mengalami kemajuan yang pesat. Berbagai prestasi akademik dan non akademik dari tingkat kecamatan hingga tingkat nasional mulai dari tahun 2013 sampai tahun 2021telah banyak diraih oleh siswa-siswi MTS Assalafiyyah Mlangi.
Saat ini, jabatan kepala MTS Assalafiyyah mlangi diamanatkan kepada bapak Barudin, M.Pd yang menggantikan kepala madrasah sebelumnya yaitu Bapak Ahmad Syaifulloh, S.Pd. bapak Barudin dibantu oleh Ibu Sri Jumaini, S.Pd., Si. selaku wakil kepala madrasah bidang kurikulum dan bapak Bayu Kuncoro Aji , S.Pd selaku wakil kepala madrasah bidang kesiswaan. Adapun jabatan ketua komite madrasah diampu oleh Bapak Ahmad ‘Afif Muzayyin, S.Pd.